VisualStudio2013 ASP.NET Webフォームアプリケーションであるプロジェクトを作成しました。
これをAプロジェクトとします。
次にAプロジェクトをコピーしBプロジェクトを作成しました。
アセンブリ名などを変更し、特に問題なく実行できることを確認しました。
次に
まずAプロジェクトを実行し、起動したIEを閉じます。
BプロジェクトのWeb.configを修正し起動させます。 このとき変更後のWeb.configが読み込まれず、AプロジェクトのWeb.configが読み込まれていました。
またBプロジェクトにブレークポイントを置いても、ブレークポイントで止まりませんでした。
ブレークポイントに警告「ブレークポイントは現在の設定ではヒットしません。（以下略）」と表示されていました。
各プロジェクトのプロパティでWebタグの「サーバー」の仮想ディレクトリが同じことが原因でした。
